Fu costruito alla fine dell’Ottocento come nuovo convento delle Clarisse Cappuccine, poiché il vecchio convento, presso la Chiesa di Sant’Antonio, era in rovina.
La chiesa è ricca di reliquie e di ex voto, custoditi nel coro. Questo spazio era riservato alle monache di clausura, mentre l’aula era aperta ai fedeli. Il tramezzo che separa il coro dall’aula, opera dell’ebanista santafiorese Giulio Parracciani, è decorato da un dipinto di Raffaello Tancredi del 1904 che rappresenta i Santi Francesco e Chiara.